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Nature:重磅!科學(xué)家成功繪制出17,795個(gè)已測(cè)序人類(lèi)基因組的結(jié)構(gòu)突變!

   2020-06-08 2920
核心提示:近日,一篇發(fā)表在國(guó)際雜志Nature上的研究報(bào)告中,來(lái)自美國(guó)、芬蘭等國(guó)家的科學(xué)家們通過(guò)研究成果繪制出了17,795個(gè)測(cè)序的人類(lèi)基因
 近日,一篇發(fā)表在國(guó)際雜志Nature上的研究報(bào)告中,來(lái)自美國(guó)、芬蘭等國(guó)家的科學(xué)家們通過(guò)研究成果繪制出了17,795個(gè)測(cè)序的人類(lèi)基因組中的結(jié)構(gòu)變異,文章中,研究人員深入解析了這些結(jié)構(gòu)變異的意義以及他們發(fā)現(xiàn)的其它研究結(jié)果。

圖片來(lái)源: CC0 Public Domain

正如研究人員指出的那樣,科學(xué)家們對(duì)大量人群進(jìn)行全基因組測(cè)序的主要目的之一就是了解更多關(guān)于遺傳突變的信息,諸如此類(lèi)變異可能是致病的、良性的或意義不明確的;基因組變異分為小型的插入-刪除、單核苷酸突變或結(jié)構(gòu)變異,隨后研究者表示,目前雖結(jié)構(gòu)變異的研究遠(yuǎn)遠(yuǎn)落后于其它研究,主要是由于研究人員缺乏專(zhuān)門(mén)用于進(jìn)行相關(guān)研究的工具和資源。

這項(xiàng)研究中,研究人員利用一種可伸縮的管路繪制并分析了17,795個(gè)深度測(cè)序的基因組的圖譜和特征,這種可伸縮的管路就是研究者開(kāi)發(fā)的一種軟件工具,其能允許工作流和大規(guī)模的結(jié)構(gòu)變異產(chǎn)生,其所產(chǎn)生的數(shù)據(jù)能夠描述分辨率感知的跨樣本合并情況、每個(gè)樣本的變異情況、變異的分類(lèi)、斷點(diǎn)的基因分型和拷貝數(shù)注釋等。

研究者利用這種新型工具分析了17,795個(gè)歐洲人、拉丁美洲人和非洲血統(tǒng)人群的基因組,這些基因組數(shù)據(jù)能從幾個(gè)公開(kāi)可訪問(wèn)的數(shù)據(jù)庫(kù)中獲得,而且每個(gè)基因組的測(cè)序覆蓋率至少為20倍,研究者指出,樣本的尺寸大小和測(cè)序的深度就能幫助他們以較高的分辨率來(lái)繪制基因組中罕見(jiàn)的突變,這或許就能幫助估算出有害結(jié)構(gòu)突變的相對(duì)負(fù)擔(dān)。平均來(lái)講,研究者發(fā)現(xiàn)的缺失最常出現(xiàn)在基因組中,其次是插入突變;在數(shù)據(jù)庫(kù)中,每個(gè)人平均有2.9個(gè)罕見(jiàn)的結(jié)構(gòu)突變(在基因組的蛋白質(zhì)編碼部分),而利用工具箱推測(cè)后,研究者發(fā)現(xiàn),誘發(fā)功能缺失的17%的罕見(jiàn)突變或許歸咎于結(jié)構(gòu)變異。

 
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